Clima este temperat-continentala, specifica câmpiei sudice, caracterizata prin potential caloric ridicat, cu amplitudini mari ale temperaturii aerului, cantitati reduse de precipitatii, cu regim adeseori torential, însotite de perioade frecvente de seceta.
Pozitia centrala a câmpiei face ca zona sa aiba un climat de tranzitie între partea estica – clima mai moderata si partea vestica – climat continental.
Lunca Dunarii, care are suprafete mari acoperite cu apa, introduce o nuanta climatica specifica.
Radiatia solara globala are valori de 125-127 kcal/cm²/an, cu potential ridicat de energie solara.
Temperatura medie anuala  este de 11,5°C.
Precipitatii medii anuale: 530 l/m².
Vitezele medii anuale ale vânturilor variaza intre 1,3 si 4,4 m/s, cele mai mari revenind directiilor cu frecventele maxime din est si vest.

Relieful comunei  este caracterizat prin existenta a doua trepte principale: zona de câmpie si Lunca Dunarii, întregul teritoriu prezentând o înclinare usoara catre sud-est.
Altitudinile cele mai mari sunt de 120 m, fiind prezente în partea de nord a comunei .
Teritoriul comunei Ciuperceni este amplasat în sudul Câmpiei Burnasului , pe terasa inferioara a fluviului Dunarea , denumita si terasa Ciuperceni ( cu cote de nivel absolute cuprinse între 22 si 35 m ).
Aceasta terasa este prima si cea mai joasa terasa din succesiunea de terase care fac trecerea dintre lunca si unitatea geomorfologica majora a Câmpiei Burnasului de Vest . 
În partea de nord a comunei se evidentiaza un taluz pronuntat, care face racordul cu terasa superioara (cu cote de nivel absolute cuprinse între 100 si 118 metri) .